赤岗校区位于广州市海珠区赤岗江海大道中东侧，处于广州市新城市中轴线的延长线，新光快速干线旁边，毗邻广州市国际会展中心和海珠区新行政中心，是广东药科大学继大学城主校区和中山校区之后的第三大校区，是学院本科教育和研究生教育唯一在广州市区中心地带的一个重要窗口，是学校以预防医学和临床医学教育为主的医学校区。
